Program kerjasama dalam negeri terutama diarahkan untuk memacu pengembangan IPTEK serta mempercepat alih teknologi kepada pengguna hasil-hasil penelitian, khususnya pengusaha yang bergerak dibidang pertanian. Untuk luar negeri, kerjasama dimaksudkan untuk meningkatkan akses Indonesia terhadap metode dan teknologi yang relevan dan terkini yang telah dihasilkan pusat-pusat penelitian internasional.

Kerjasama Dalam Negeri
Di dalam negeri, kerjasama penelitian dijalin dengan perguruan tinggi, instansi pemerintah dan non pemerintah, swasta maupun perorangan.

Kerjasama Luar Negeri
Kerjasama luar negeri dengan lembaga penelitian internasional, lembanga dan negara yang telah bekerjasama dengan Indonesia